U-matriisi (unified distance matrix) [17,39] on menetelmä mallivektorien välisten etäisyyksien esittämiseksi. U-matriisiin on laskettu kartan mallivektorien ja niiden hilanaapureiden väliset etäisyydet. Se esitetään yleensä komponenttitason tapaan harmaasävykuvana. U-matriisia käytetään haettaessa kartalta mallivektorien ryhmittymiä eli klustereita.
Kuvassa 2.3(e) on esimerkkidatan u-matriisi. Tummat sävyt kuvaavat yksiköiden välin olevan pitkä, ja vaalea sävy vastaa lyhyttä välimatkaa. Tumman sävyn erottamat vaaleat saarekkeet ovat klustereita. Kuvasta näkyy, että klusteri D on selvästi erillään muista ja klusterit A ja B ovat niin lähellä toisiaan, että niitä on u-matriisin perusteella hankala erottaa.