From sami.kaski@hut.fi Fri Dec 15 15:14:28 2000 Date: Sun, 10 Dec 2000 23:17:10 +0200 (EET) From: Sami Kaski To: jnikkila@james.hut.fi Subject: Bioinf-tehtäviä Moi: Tässä olisi tehtäviä suurimpaan osaan esitelmistä. Lopusta jäi muutama katsomatta, toivottavasti ehdit vilkaista. Nuo "too easy":t voisi ehkä jättää lopulliseenkin kuvaukseen? Sami ----- Too easy; smooth start: SM, Ch.7, Ex. 13. Easy again: SM, Ch.8, Ex. 2 (Give a _new_ example.) DEKM: Ex. 9.10 DEKM: Ex. 10.4 SSK, Ch. 11: The authors propose a method for computing a substituting matrix for amino acids. Characterize the differences from the PAM matrices. Comment the proposal. Where would you use each? Explain SSK, Ch. 12, eqn (2) (p.242). Use at most 1 page. Paper by Chen et al (regulatory networks): Try to justify the Maximum gene regulation problem. SSK: Ch. 14: Voisi ehkä jättää väliin. SSK: Ch. 15: Löytyisikö joku yksinkertainen Bayes-verkko-tehtävä labrasta? Erkkihän piti sellaisen kurssin vastikään? Paper by Tamayo et al: "Translate" the SOM algorithm to the more familiar notation (see, e.g., http://www.cis.hut.fi/research/som-research/som.html).